PcPAL Mutant Activity Prediction

MutPALytics

PcPAL 突变体活性预测平台

本界面用于提交 PcPAL 突变体活性预测任务。支持录入 WT 序列与突变信息、上传 SwissADME 结果、蛋白 PDB、底物 PDB 以及 ESM 特征文件，并自动完成输入校验、预测执行与结果整理。

当前支持的输入方式

首次提交前建议完整阅读。

本模型由 400 余条多源公开 PcPAL 数据训练得到，目前仅支持预测 PcPAL（Petroselinum crispum Phenylalanine Ammonia-Lyase）突变体的活性。

理论输出为转化率数值，但由于训练数据较少、样本分布偏斜以及不同文献来源之间存在系统差异，模型在部分位点、部分底物或高阶突变组合上的结果可能偏保守。

因此，本系统输出结果仅适合作为候选筛选和优先级参考，不能替代真实实验结果，也不应作为最终酶活结论或定量对照。

所有输入资源都会进行一致性校验；若命名、序列或底物信息不匹配，系统将在提交阶段直接返回错误。

突变模式序列模式

WT 序列默认已填入包内识别到的 PcPAL WT 序列；如需替换为其他 WT 版本，可直接覆盖。

突变列表多位点突变请使用 / 分隔。对应资源文件建议使用下划线命名，例如 F137A_I460V.pdb 与 F137A_I460V.npy。

变体序列列表系统会将变体序列与 WT 自动比较并识别突变位点。上传的蛋白 PDB 与 ESM .npy 文件名必须与 VariantName 完全一致。

可选择上传导出 CSV，或直接粘贴 CSV 文本内容。

文件上传（.csv）建议直接上传 SwissADME 导出的 .csv 文件。文本粘贴（CSV 内容）数据中至少应包含 Molecule、MW、Consensus Log P、TPSA、#Rotatable bonds 和 MR。

支持直接上传 .pdb 文件，也支持批量压缩包。

文件上传（.pdb）蛋白 PDB 文件名必须与变体资源 ID 一致。压缩包上传（.zip，仅包含 .pdb）压缩包内仅建议放置蛋白 PDB 文件，文件名规则与单文件模式相同。

支持直接上传 .pdb 文件，也支持批量压缩包。

文件上传（.pdb）底物 PDB 文件名必须与 SwissADME 表中的 Molecule 一致，例如 L-phe.pdb。压缩包上传（.zip，仅包含 .pdb）压缩包内仅建议放置底物 PDB 文件。

推荐使用与当前模型一致的 ESM-2 3B 版本生成特征。

网页版本当前仅支持上传现成的 ESM .npy 文件。

文件上传（.npy）文件名必须与蛋白 PDB 一致。压缩包上传（.zip，仅包含 .npy）压缩包内仅建议放置当前任务所需的 ESM 特征文件。

建议按以下清单逐项核对，以降低任务失败概率。